Maciej Nowakowski od 2022 roku prowadził własną działalność Maciej Nowakowski Consulting.

W latach 2021-2026 związany był z firmą Lite e-Commerce. Pracę w firmie rozpoczął w 2021 roku na stanowisku COO, a następnie awansował na stanowisko CEO.

W swojej karierze zawodowej pracował również w firmie McKinsey & Company, w której rozpoczął pracę w 2010 na stanowisku Business Analyst. W firmie awansował kolejno na stanowiska: Associate, Engagement Manager, Local Partner.